Full Sinopsis & Tema Plot Film The X Files (1998)

Pembukaan film dimulai dengan urutan tanpa suara di zaman prasejarah. Seorang manusia Neanderthal menemukan makhluk asing yang besar dan ganas di sebuah gua, dan mereka berduel. Sang manusia berhasil membunuh alien tersebut dengan menusuknya, namun dari luka itu keluar cairan hitam — dikenal sebagai black oil, yang kemudian menyerap ke dalam tanah dan makhluk hidup di sekitarnya.

Berpindah ke Indonesia modern, seorang anak kecil di Texas jatuh ke sebuah lubang dan menemukan tengkorak manusia. Saat ia mengambilnya, cairan hitam keluar dari tanah dan bergerak naik ke tubuhnya, menyebabkan matanya menjadi hitam. Segera setelah itu, sekelompok pemadam kebakaran yang menolongnya hilang secara misterius.

Di tahun 1998, setelah penutupan X-Files dan agen Mulder serta Scully dialihkan dari tugas utama mereka, mereka kembali beraksi membantu menyelidiki ancaman bom di Dallas. Mereka menemukan bom yang ternyata sudah disiapkan untuk meledak, namun mereka berhasil menyelamatkan ratusan nyawa. Meski demikian, mereka dihukum karena ada korban yang tetap tewas, termasuk tiga petugas pemadam dan seorang anak kecil.

Mulder kemudian bertemu dokter paranoia, Alvin Kurtzweil, yang memberi penjelasan bahwa korban tewas sebenarnya sudah mati sebelumnya dan bom sengaja dibiarkan meledak untuk menyembunyikan fakta tersebut. Mulder dan Scully kemudian menyelidiki jenazah dan menemukan adanya infeksi alien yang mematikan di tubuh para korban.

Pengamatan lebih jauh mengungkapkan bahwa tubuh korban mengalami kerusakan sel yang ekstrem dan berubah menjadi transparan, menunjukkan adanya zat asing dan virus alien. Mereka menelusuri lokasi anak kecil dan menemukan ladang jagung besar dengan dua kubah bercahaya, yang ternyata hanyalah ruang kosong. Saat mereka menyelidikinya, mereka dikejar oleh sekumpulan lebah raksasa dan melarikan diri.

Di Washington, mereka menghadapi kenyataan bahwa bukti yang mereka miliki mulai menghilang. Scully dihadapkan pada sidang permintaan transfer ke Utah dan menolak, bersumpah untuk tidak meninggalkan Mulder. Saat mereka hampir berciuman, Scully diserang lebah dan mengalami reaksi parah, dan kemudian diculik oleh sekelompok orang tak dikenal. Mulder yang terluka ringan berhasil menyelinap keluar, dan mendapatkan petunjuk dari The Well-Manicured Man bahwa Scully ada di Antarctica dan ada vaksin yang bisa menyembuhkan infeksi tersebut.

Dalam perjalanan ke Kutub Selatan, Mulder menemukan laboratorium rahasia milik Cigarette-Smoking Man dan Strughold, tempat di mana mereka menyimpan makhluk alien dan melakukan eksperimen rahasia. Ketika mereka melarikan diri, kapal alien yang dorman di bawah tanah kembali aktif dan meninggalkan bawah tanah tersebut, menampakkan keberadaannya di langit. Scully dalam keadaan tidak sadar saat kapal itu terbang melintasi langit berkabut.

Setelah kejadian ini, mereka menghadiri sidang yang menegaskan bahwa seluruh kasus dan bukti telah ditutup dan disembunyikan, dengan satu-satunya bukti yang tersisa adalah lebah yang menyengat Scully, yang kemudian diserahkan kepada The Lone Gunmen sebagai bukti.
Di akhir cerita, Mulder yang merasa frustrasi dan kecewa mencoba membujuk Scully untuk meninggalkan pencarian kebenaran, namun ia menolaknya, berkeyakinan bahwa "jika aku berhenti sekarang, mereka yang berkuasa pasti menang." Ketika Scully diserang lebah dan diculik, Mulder harus berjuang sendirian, berhadapan dengan konspirasi besar yang menyembunyikan kehadiran dan keberadaan makhluk asing di bumi ini.