Michel Gondry lahir dan besar di Versailles, Prancis, dalam keluarga yang sangat dipengaruhi oleh musik pop. Pada masa kecil, ia bermimpi menjadi pelukis atau penemu. Di usia 80-an, Gondry masuk sekolah seni di Paris untuk mengembangkan kemampuan grafisnya dan bertemu teman yang membentuk band pop-rock bernama Oui-Oui. Band ini merilis dua album, 'Chacun tout le monde' dan 'Formidable', serta beberapa single sebelum berpisah tahun 1992.

Sebagai drummer, Gondry juga mengarahkan video klip band yang menunjukkan dunia unik dan aneh, terinspirasi dari tahun 60-an dan masa kecilnya. Salah satu video ini tayang di MTV, dan Björk melihatnya, lalu memintanya membuat video solo pertamanya untuk lagu 'Human Behaviour'. Kemitraan ini sangat terkenal, dan Gondry mengarahkan lima video lain untuk Björk, didukung oleh anggaran besar.

Kesuksesan ini membawanya ke dunia komersial internasional dengan mengerjakan iklan untuk berbagai merek besar seperti Gap, Nike, Coca-Cola, dan Levi's, yang menjadikannya sutradara iklan highly-awarded. Hollywood mulai tertarik dan pada tahun 2001, ia memulai debut film panjangnya 'Human Nature', berdasarkan skenario Charlie Kaufman, yang diputar di Festival Cannes. Meskipun tidak besar di pasar, film ini membuka jalan bagi karya terkenalnya 'Eternal Sunshine of the Spotless Mind' pada 2004, yang memenangkan Oscar dan menjadi film indie populer.