Jonathan Scott Frakes lahir di Bellefonte, Pennsylvania tengah, dari orang tua Doris J. (Yingling) dan Dr. James R. Frakes, seorang profesor. Keluarganya kemudian pindah ke Bethlehem, Pennsylvania, tempat ayahnya mengajar sastra Inggris di Lehigh University hingga wafat pada 2002. Frakes memiliki garis keturunan Jerman dan Inggris.

Sejak kecil, Jonathan diperkenalkan dengan jazz oleh ayahnya dan mulai memainkan trombon sejak kelas empat. Ia dikenal sebagai anak yang ramah, lucu, dan memiliki bakat akting sejak kecil. Ia aktif di band sekolah dan olahraga lari. Setelah lulus dari Liberty High School, Bethlehem, tahun 1970, ia memulai studi psikologi di Pennsylvania State University.

Terinspirasi oleh pengalaman di teater saat bekerja sebagai usher, ia beralih ke jurusan seni teater dan lulus dengan gelar sarjana tahun 1974. Setelah itu, Jonathan pindah ke New York City untuk mengejar karir sebagai aktor, mengambil berbagai pekerjaan sampingan seperti pelayan dan petugas pindahan, bahkan pernah berperan sebagai Captain America di Marvel Comics.

Karirnya mulai menanjak saat mendapatkan peran di musikal Broadway "Shenandoah" dan di serial soap opera "The Doctors" sebagai Vietnam veteran Tom Carroll. Pada 1978, ia pindah ke Los Angeles untuk mencoba peruntungan di televisi dan tampil sebagai tamu di berbagai acara seperti "Charlie's Angels", "Fantasy Island", dan lain-lain. Pada 1983, ia membintangi serial "Bare Essence" dan kemudian peran di "North and South" (1985) yang mempertemukannya dengan Genie Francis, yang kemudian menjadi pasangan hidupnya.

Pada 1987, Frakes mendapatkan peran ikonik sebagai Commander William Riker di serial "Star Trek: The Next Generation" yang membuat namanya dikenal dunia. Ia juga mulai menunjukkan bakat menyutradarai, mengarahkan delapan episode serial tersebut dan beberapa spin-off seperti "Deep Space Nine" dan "Voyager". Pada 1988, ia menikahi Genie Francis dan memiliki anak bernama Jameson Ivor Frakes.

Selama karirnya, Jonathan juga mengarahkan film "Star Trek: First Contact" (1996) yang sukses besar dan menjadi film terlaris dari franchise tersebut saat itu. Ia mendirikan perusahaan produksi Goepp Circle Productions. Setelah itu, ia terus aktif di film dan televisi, mengarahkan film "Star Trek: Insurrection" dan "Star Trek: Nemesis" serta berperan dalam beberapa film dan acara TV lainnya.