John Duigan lahir di Australia dan emigrasi ke Australia pada tahun 1961, karena ayahnya berkebangsaan Australia. Ia memiliki hubungan keluarga dengan banyak tokoh seni Australia, termasuk istri dari mendiang Nammi Le, saudara dari novelis Virginia Duigan, dan paman dari Trilby Beresford. Duigan menempuh pendidikan di Universitas Melbourne, meraih gelar Master di bidang Filsafat pada tahun 1973. Saat di universitas, ia aktif berperan sebagai aktor dan sutradara teater serta terlibat dalam film pendek.

Karirnya dalam dunia film dimulai sejak tahun 1974 dengan karya-karya awal seperti Mouth to Mouth yang meraih Jury Prize di Australian Film Institute (AFI) Awards, dan Winter of Our Dreams yang mendapatkan penghargaan dari Australian Writers' Guild untuk Best Screenplay. Ia juga menyutradarai mini-seri Vietnam yang multi penghargaan.

Film Winter of Our Dreams (1981) masuk dalam kompetisi di Moscow International Film Festival ke-13. Film terkenalnya lainnya termasuk The Year My Voice Broke, yang memenangkan AFI untuk Sutradara Terbaik dan Naskah Terbaik, serta Flirting, yang meraih Best Picture dari AFI.

Setelah itu, Duigan bekerja di Amerika dan Eropa, lalu kembali ke Australia untuk menyutradarai Sirens (1993), yang memenangkan Best Film di Festival Film St. Petersburg. Ia juga menyutradarai film di luar negeri seperti Romero dan Lawn Dogs di Amerika, The Leading Man dan The Parole Officer di Inggris, serta Head in the Clouds yang meraih empat Genie Awards dan Best Film di Festival Film Milan.

Pada periode 2005 hingga 2010, Duigan mengambil jeda dari industri film untuk menulis buku tentang etika sekuler. Ia kembali menyutradarai Careless Love pada tahun 2011/12 dan tetap aktif dalam dunia perfilman serta sastra.