John Christopher Reilly lahir di Chicago sebagai anak kelima dari enam bersaudara. Ayahnya, keturunan Irlandia, menjalankan perusahaan linen industri, sementara ibunya berdarah Lithuanian-Amerika. Sejak usia delapan tahun, Reilly sudah aktif di panggung amator dan kemudian belajar di Goodman School of Drama. Ia juga menjadi anggota teater Steppenwolf yang terkenal di Chicago.

Karier film Reilly dimulai dengan peran kecil dalam Casualties of War (1989), yang kemudian membawanya tampil di berbagai film seperti Days of Thunder, Shadows and Fog, dan What's Eating Gilbert Grape. Ia sering bekerja sama dengan sutradara Paul Thomas Anderson dalam film seperti Sydney, Boogie Nights, dan Magnolia. Di bidang teater, ia tampil di Broadway dan acara besar lainnya, serta mendapatkan nominasi Tony dan penghargaan Outer Critics Circle.

Puncak pengakuan filmnya datang pada 2002 lewat peran dalam Chicago, yang membuatnya mendapatkan nominasi Oscar dan Golden Globe sebagai Aktor Pendukung Terbaik. Sejak itu, Reilly semakin dikenal luas dengan beragam peran, dari drama berat seperti We Need to Talk About Kevin hingga komedi seperti Step Brothers dan Walk Hard. Ia juga terkenal sebagai pengisi suara dalam film animasi Wreck-It Ralph. Reilly menikah dengan produser Alison Dickey.