Joaquin Rafael Bottom lahir di San Juan, Puerto Rico, dari pasangan Arlyn dan John Bottom, yang saat itu menjadi misionaris Children of God. Ia adalah anak tengah dari lima bersaudara, dan sejak kecil terpengaruh oleh kakak-kakaknya, River dan Rain Phoenix, hingga mengganti namanya menjadi Leaf sebagai bagian dari identitas keluarga yang berakar dari alam.

Ketika keluarga berpindah-pindah di Amerika Latin dan kemudian menetap di Los Angeles sekitar usia 6 tahun, Joaquin mulai terjun ke dunia akting lewat iklan dan sinetron, termasuk penampilan tamu di sitkom River. Ia memulai debut film pada 1986 di SpaceCamp dan mendapatkan peran utama di Russkies pada 1987.

Saat keluarga pindah ke Florida, karier Joaquin sempat berhenti karena kurangnya peran sesuai usia. Setelah mengalami tragedi kematian kakaknya River akibat overdosis narkoba, Joaquin kembali ke dunia akting dengan peran di film To Die For (1995), yang mengantarkan pujian kritis kepadanya. Ia lalu membintangi Inventing the Abbotts (1997), dan film lainnya seperti Gladiator (2000), yang membuat namanya melambung sebagai aktor kelas dunia.

Joaquin dikenal dengan dedikasinya untuk memerankan karakter secara mendalam, termasuk menambah berat badan dan mengubah penampilan fisik. Ia mendapatkan nominasi Oscar sebagai Aktor Pendukung untuk Gladiator dan sebagai Aktor Terbaik untuk Walk the Line, yang sekaligus menampilkan bakat menyanyi dan merekam soundtracknya sendiri. Kariernya terus berkembang hingga menjadi salah satu aktor terkemuka di Hollywood.