Frank Henenlotter lahir pada 29 Agustus 1950 di New York City. Ia menghabiskan masa muda dengan menonton film exploitation murah dan cheesy di berbagai bioskop grindhouse di Manhattan. Sejak remaja, ia sudah membuat film 8mm dan karya pendek berformat 16mm, seperti Slash of the Knife (1972), yang diputar di sekelompok penonton di 42nd St. Sebelum berkarir di dunia film, ia juga pernah bekerja sebagai seniman komersial dan desainer grafis.

Gaya film Henenlotter dikenal dengan plot yang unik dan aneh, humor rendah hati, kekerasan grafis, serta suasana yang penuh kekotoran dan grotesque. Debut film horor utamanya, Basket Case (1982), mendapatkan status kultus dan menjadi film midnight yang terkenal, mengisahkan dua saudara siam yang membalas dendam setelah dipisahkan secara paksa, dengan campuran emosional dan kekerasan berlebihan.

Prestasinya berlanjut dengan Brain Damage (1988), film yang menyajikan alegori tentang kecanduan narkoba melalui kisah parasit mematikan yang memakan otak manusia. Ia juga membuat film Frankenhooker (1990), sebuah film satir dan lucu, serta menggarap sekuel dari Basket Case. Selain berkarya di dunia film, Henenlotter terkenal sebagai penjual kembali film-film jadul dan sebagai moderator komentar di DVD.

Setelah vakum dalam beberapa tahun, Frank kembali dengan film Bad Biology (2008) yang aneh dan mengejutkan, menunjukkan bahwa ia tetap konsisten dengan gaya unik dan berani di dunia perfilman horor indie.