Emily Watson lahir dan besar di London, sebagai putri dari Katharine, seorang guru bahasa Inggris, dan Richard Watson, seorang arsitek. Setelah masa kecil yang dilindungi secara pribadi, ia menempuh studi sastra Inggris selama tiga tahun di Bristol. Ia sempat mencoba masuk sekolah drama namun ditolak, lalu bekerja sebagai pegawai kantor dan pelayan selama tiga tahun.

Pada tahun 1992, Watson bergabung dengan Royal Shakespeare Company dan di sana bertemu dengan suaminya, Jack Waters. Ia memulai karier panggung dan kemudian mendapatkan peran film pertamanya sebagai Bess McNeill dalam Breaking the Waves (1996), yang membuatnya nominasi Oscar pertama. Sejak itu, ia terus meraih keberhasilan baik di Inggris maupun Amerika Serikat.

Dalam beberapa tahun berikutnya, Watson tampil dalam film seperti Metroland (1997), The Mill on the Floss (1997), dan The Boxer (1997). Puncaknya terjadi pada 1999, saat ia memerankan karakter Jacqueline du Pré dalam Hilary and Jackie dan pada film adaptasi buku bestseller Angela's Ashes, di mana ia memerankan Angela McCourt. Ia dikenal karena aktingnya yang mendalam dan mendapat apresiasi luas.

Setelah beberapa karya lainnya, Watson semakin kukuh sebagai aktris utama di Hollywood dengan peran di Red Dragon (2002), Equilibrium (2002), dan Punch-Drunk Love (2002). Ia juga kembali ke panggung di Inggris dan Amerika, menunjukkan bakat dan minatnya bekerja sama dengan sutradara seperti Paul Thomas Anderson. Kini, Emily tinggal di London bersama suaminya, Jack Waters.