Brian Henson adalah putra dari legenda tontonan, Jim Henson. Sejak kecil, ia terbiasa bermain dengan puppets bersama saudara-saudaranya, yang membentuk dasar minatnya di bidang ini. Pada usia 17 tahun, ia sudah mampu tampil bersama ayahnya di The Great Muppet Caper, tetapi memilih jalur berbeda dan masuk ke universitas untuk menjadi insinyur atau bekerja di industri dirgantara. Setelah beberapa bulan di Universitas Colorado, ia menyadari cintanya terhadap puppeteering lebih kuat dan memutuskan istirahat setahun untuk kembali ke New York. Di sana, ia memperdalam keahliannya, mengawasi manipulasi Audrey II dalam Little Shop of Horrors, dan menjadi kepala puppeteer di The Teenage Mutant Ninja Turtles. Ia juga menyutradarai program seperti Jim Henson's Mother Goose Stories yang ditayangkan di Disney Channel. Kemampuannya berkembang dan akhirnya ia menjadi sutradara yang dipercaya ayahnya, mengarahkan pemain latar belakang sementara ayahnya mengarahkan bagian utama. Ia kemudian naik jabatan sebagai co-executive producer untuk serial Dinosaurs dan menjabat sebagai presiden Jim Henson Productions, memimpin perusahaan keluarga ini ke era baru.